Berdasarkan Peraturan Walikota Kotamobagu Nomor 40 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta  Tata Kerja Dinas Kesehatan Kota Kotamobagu Tipe C, dalam menyelenggarakan tugas pokok Dinas Kesehatan mempunyai tugas dan fungsi :

Tugas Dinas Kesehatan Kota Kotamobagu :

1. Melaksanakan sebagian urusan pemerintahan yang menjadi kewenangan daerah dan tugas perbantuan yang diberikan kepala daerah/dibidang kesehatan
2. Melaksanakan tugas-tugas lain yang diberikan oleh Kepala Daerah/Walikota sesuai dengan bidang tugasnya

Fungsi Dinas Kesehatan Kota Kotamobagu :

1. Merumuskan kebijakan tekhnis di bidang kesehatan
2. memberikan perijinan dan pelaksanaan pelayanan umum di bidang kesehatan
3. Mengadakan pembinaan terhadap unit pelaksanaan tekhnis dinas (UPTD) Puskesmas, Laboratorium Kesehatan Lingkungan Daerah dan Gedung Farmasi dan Perbekalan Kesehatan.
4. Mengadakan koordinasi, integrasi dan sinkronisasi di lingkungan dinas maupun dengan dinas/badan/bagian lain diluar dinas sesuai dengan bidang tugas masing-masing.
5. Memberikan saran-saran atau pertimbangan-pertimbangan kepada walikota tentang langkah-langkah atau tindakan-tindakan yang perlu diambil dalam bidang kesehatan.
6. Penyusunan rencana dan program di bidang kesehatan berpedoman pada program nasional RPJMD Provinsi dan Kota dan kebijakan pimpinan.
7. Melaksanakan pembinaan umum dan tehknis dalam pencapaian program dinas
8. Mengevaluasi pelaksanaan keegiatan tahaunan berdasarkan rencana dan realisasi sebagai bahan penyusunan program tahun berikut.
9. Melaksanakan rapat konsultasi dengan tiap bidang, sekretariat dan staf.
10. Bimbingan dan pengawasan Urusan sekretariat dan rumah tangga dinas.
11. Melaksanakan hasil pelaksanaan tugas kepada pimpinan
12. Melaksanakan tugas lain yang diberikan pimpinan.